После окончания городской средней школы Милтон Хелперн учился в нью-йоркском Сити-колледже (бакалавр естественных наук, 1922), получил степень доктора медицины в 1926 г. в Медицинском колледже Корнелльского университета.

По окончании клинической интернатуры в больнице Бельвю Хелперн получил должность помощника судмедэксперта в Офисе главного медицинского эксперта Нью-Йорка. В 1943 г. он был повышен в должности до заместителя главного медэксперта, а в 1954 стал Главным судебно-медицинским экспертом Нью-Йорка - всего лишь третьим по счёту в этом Офисе, созданном в 1915 г. На этом посту Хелперн проработал почти 20 лет, выйдя в отставку в 1973 г.

В 1954-74 гг. Хелперн был также профессором и завкафедрой судебной медицины в Нью-Йоркском университете, а также преподавал в Медицинском колледже Корнелльского университета. Он был президентом Медицинского общества Нью-Йорка, стоял у истоков создания Американской академии криминалистики и Национальной ассоциации медицинских экспертов.

Хелперн опубликовал много статей в специальных журналах, часто выступал на научных конференциях и семинарах. Своими выступлениями в печати он привлёк внимание к таким проблемам общественного здоровья, как отравление окисью углерода, синдром внезапной смерти младенцев и др. Он был также соавтором учебника "Судебная медицина и токсикология" и главным редактором "Международного журнала судебной медицины". Обширная практическая, научная, преподавательская и общественная деятельность создали Хелперну всемирную репутацию выдающегося эксперта в судебной медицине.
 

Имя Милтон - от старо-английского "mill town" - "фабричный посёлок". Фамилия Хелперн происходит от названия немецкого города Хайльбронн (земля Баден-Вюртемберг).