Предки Прузинера жили в Белоруссии. В конце ХIХ века прадедушка Стенли, юрист Вульф Пружинер, проживавший в Москве, уехал с семьёй в Америку из-за выселения евреев из Москвы.

Стэнли окончил школу в Цинциннати, Огайо, получил степень бакалавра химии в Пенсильванском университете, затем там же - доктора медицины. Окончил интернатуру в Калифорнийском университете в Сан-Франциско. После трёх лет работы в Национальном институте здоровья Прузинер вернулся в Калифорнию, окончил резидентуру по неврологии (1974), после чего в течение многих лет преподавал неврологию и биохимию и занимался исследовательской деятельностью в Калифорнийском университете и Университете Беркли.

В 1996 г. Стэнли Прузинер был награждён премией Вольфа, а в 1997-м - Нобелевской премией по физиологии и медицине за открытие прионов - нового биологического источника инфекции, и за объяснение основных принципов его действия. Прузинер добавил прионы в список хорошо известных инфекционных агентов, таких как бактерии, вирусы, грибы и др. В нормальных условиях прионы - это безвредные клеточные белки, но они способны превращаться в устойчивые структуры, вызывающие ряд смертельных заболеваний головного мозга у людей и животных.

Прионовые болезни могут быть наследственными, передаваться от больного к здоровому или возникать спонтанно. Поражённый участок мозга имеет характерную губчатую структуру, свидетельствующую об обширном поражении нервных клеток, что приводит к выраженным неврологическим симптомам, таким как снижение тонуса мышц, слабоумие, потеря памяти и бессонница.

Открытие Прузинера помогает понять биологические механизмы других деменций, таких, например, как болезнь Альцгеймера и, возможно, позволит создать новую стратегию лечения заболеваний, которые обессиливают мозг и делают его беспомощным.
 

Имя Стэнли - топонимического происхождения, от  средне-английского Stan Leigh - "каменистый луг". Имя Бенджамин - английская форма библейского имени Биньямин. Фамилия Пружинер - топонимическая, от названия города Пружаны в Брестской области Белорусии.